Науково-дослідні інститути Білоцерківського національного аграрного університету (надалі – НДІ) є структурними підрозділами Білоцерківського національного аграрного університету.
| № п/п | Факультет | Назва НДІ | Директор НДІ | 
| 1. | Економічний факультет | КРИСАНОВ Дмитро Федосович | |
| 2. | Агробіотехнологічний факультет | Науково-дослідний інститут інноваційних технологій у рослинництві | ГРАБОВСЬКИЙ  Микола Борисович | 
| 3. | Факультет ветеринарної медицини | Науково-дослідний інститут ветеринарної хірургії, репродуктології та фармакології | РУБЛЕНКО Михайло Васильович | 
| 4. | Факультет ветеринарної медицини | Науково-дослідний інститут Єдиного здоров'я, заразних хвороб та безпечності харчових продуктів | ЦАРЕНКО Тарас Михайлович | 
| 5. | Факультет ветеринарної медицини | МЕЛЬНИК Андрій Юрійович | |
| 6. | Біолого-технологічний факультет | Науково-дослідний інститут тваринництва та харчових технологій | МЕРЗЛОВ Сергій Віталійович |